In base a quanto stabilito dal decreto del 9 luglio 2008, le aziende continueranno a tenere fino al periodo di paga relativo a dicembre 2008 il libro paga nelle sezioni paga e presenze, il registro dei lavoranti ed il libretto personale di controllo per i lavoranti a domicilio con le regole attuali.
Il libro unico del lavoro dovrà essere conservato presso la sede legale del datore di lavoro o, in alternativa, presso lo studio dei consulenti del lavoro o degli altri professionisti abilitati. In caso di verifiche sarà inoltre possibile esibire il libro unico anche tramite fax o E-mail.

Come modalità di tenuta del Libro il decreto stabilisce tre possibilità: la stampa meccanografica su fogli mobili a ciclo continuo: ogni pagina deve essere numerata e il libro deve essere vidimato, prima di essere messo in uso, dall'Inail (in alternativa, può essere numerato e vidimato durante la stampa da soggetti autorizzati dall'Istituto); la stampa laser, previa, però, l'autorizzazione preventiva dell'Inail; l'elaborazione su supporti magnetici o a elaborazione automatica dei dati: in questo caso, non sono necessarie autorizzazione nè vidimazione, ma occorre comunicare la messa in uso alla direzione provinciale del Lavoro.

Il 21 agosto 2008 il Ministero del Lavoro - Direzione generale dell'attività ispettiva ha diffuso una circolare rivolta al personale ispettivo per uniformarne l'attività, pubblicata sulla Gazzetta Ufficiale del 27 agosto. Nella circolare vengono specificate le abrogazioni esplicite e implicite prodotte dall'istituzione del Libro Unico sul Lavoro. Vengono inoltre individuati i soggetti obbligati e i diversi obblighi di istituzione, tenuta e conservazione del Libro.